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J'ai lu dans un commentaire sur la Michna; je ne me souviens plus où (il me semble Tossfot Yom Tov) que s'il n'y a pas de Guemara (Talmoud Bavli) sur les Sedarim Zraïm et Taharot c'est parce que ces lois ne s'appliquaient pas à Bavel. Comment comprendre alors qu'il y a une Guemara sur Seder Kodchim ?
Il faut savoir que certains pensent que ces Gmarot ont été écrites mais se seraient égarées.
(Pour exemple farfelu, je cite Arsène Darmesteter, Le Talmud Paris 1889, p.9 note 1 qui présente les deux éventualités sans trancher, soit que ces textes n’aient jamais été mis par écrit, soit que les rédactions ne sous soient pas parvenues.)
A part ça, dire que la non application de certaines lois est une explication d’absence de Gmara sur ces traités ne veut pas dire que c’est une obligation et qu’il serait comme interdit de rédiger une Gmara sur ces sujets, on ne fait que dire que c’est un facteur de non rédaction qui peut s’ajouter à d’autres facteurs.
Et enfin, un troisième élément de réponse: si l’on résonne en termes de Sdarim comme vous semblez l’écrire, le séder Kodshim
(Kodashim) comporte des traités qui sont applicables de nos jours, comme ‘Houlin, Bekhorot, Menah’ot… dès lors, on pourrait imaginer que « dans la foulée », ils aient aussi rédigé sur des massekhtot du même séder qui sont moins « halakha lemaassé » de nos jours.
De toute façon , il faut bien admettre que certains prakim ne sont pas très « lemaassé » même dans séder Nezikin (Bassoum…).